Les Romains ont aménagé l'oppidum à l'abri des murs de défense, et ils ont creusé de grandes caves dans le roc sous-jacent afin d'y resserrer des vivres pour les habitants et les animaux. Ces grandes caves, réaménagées plus tard, ont reçu le nom de Greniers de César, l'homme d'État romain ayant, selon une tradition qui n'est pas attestée, séjourné à Amboise. Lors de l'occupation romaine, la ville, avec forum et temples, se développe dans la vallée de l'Amasse, sur le coteau ouest, à la croisée de deux voies romaines, celle qui, orientée est-ouest, relie Lyon à la Bretagne en longeant la Loire sur une partie de son cours, et celle qui, selon un axe nord-sud, va de Chartres vers Tours. Ce quartier, longtemps appelé Vieille Rome, a pris le nom de Saint-Denis.

Au IVème siècle, saint Martin, alors qu'il évangélise la province, fait construire une église sur l'emplacement de l'ancien temple, à l'écart de la résidence fortifiée édifiée par Avicien vers 374, site sur lequel est élevé le château actuel. Il fait également bâtir des ponts de bois. Vers 503, Clovis et Alaric se rencontrent, selon les chroniqueurs, "au milieu de la Loire", sur l'île d'Or, anciennement île Saint-Jean, et concluent une entente éphémère.

L'histoire d'Amboise est marquée par les invasions et les pillages des Normands qui au IXe siècle remontent la Loire. En 1115, Hugues 1er seigneur d'Amboise et vassal du comte de Blois, fait construire le premier véritable pont sur la Loire et contribue ainsi à un développement important de la ville. La guerre entre les Capétiens et les Plantagenêt occasionne le retour des troubles.

Cependant, aux XIIIe et XIVe siècles, la ville jouit d'un calme relatif qui favorise son développement lié à l'activité fluviale d'une part et à la création de nombreux couvents qui accueillent des pèlerins et soignent les malades d'autre part. Cette prospérité entraîne l'installation de quartier d'artisans, de commerçants et d'hôtelleries, Amboise devient une résidence royale officielle en 1431 et reste définitivement attaché à la couronne. Aux XVème et XVIe siècles, la présence de la cour à Amboise est pour la ville un facteur de prospérité et d'embellissement qui dure jusqu'à la fin du XVIe siècle. En raison des crues et des débâcles, le vieux pont de bois est emporté au XVIIe siècle, et en 1710 le pont de pierre cède à son tour.

Ces difficultés contribuent à favoriser le passage par la rive droite de la Loire, et Amboise n'est plus traversée par la route d'Espagne. Le quartier du Bout des Ponts, sur la rive droite, en bénéficie, avec la création d'une hôtellerie et d'un relais de poste en 1752. Le tronçon de l'Amasse qui traverse la ville est canalisé, et le déclin de l'activité des drapiers et des tanneurs permet la réalisation d'aménagements contre les crues.

Au XVIIIe siècle, grâce aux privilèges accordés par Choiseul, de nouvelles industries apparaissent. Les trois cimetières sont déplacés en 1778 pour n'en former qu'un seul. La grande débâcle de 1789 entraîne de nouveau la destruction du pont, qui n'est pas le dernier emporté par le fleuve.

Au XIXe siècle, l'ancien bourg aux maisons de bois, torchis, briques et tuiles, devient une ville de pierres et ardoises. La réalisation d'équipements publics est entreprise, et les services publics sont installés à l'hôtel Morin. La voie ferrée Orléans Tours est créée sur la rive droite de la, Loire. Le développement d'Amboise a souffert du morcellement hérité du régime féodal. La réunion des communes d'Amboise proprement dit et de Saint-Denis Hors, proposée dès 1790, n'est effective qu'en 1940. Après la Seconde Guerre mondiale, la population connaît un très fort accroissement qui est matérialisé par l'urbanisation des plateaux du sud, à l'écart du secteur sauvegardé, et qui fait d'Amboise l'une des villes les plus peuplées de la Touraine, après la région de Tours.

• Fanum des Châtelliers (Ier), rue Rouget de lisle : vestige d'un temple romain.
• Chapelle Saint Jean de l'Isle (début XIIe), rue du Stade St Jean : ancienne chapelle appartenant à l'Ordre de Saint Jean de Jérusalem. Restaurée en 1970 après avoir servi de grange au XIXème.
• Eglise Saint-Denis (XIIe et XVe à XIXe), Parvis St Denis : commencée en 1107 par Hugues 1er seigneur d'Amboise. A remarquer : chapiteau (XIIème), mise au tombeau (XVIème), retable de l'autel (XVIIème).
• Beffroi (XIVème et XVe), rue Nationale : aussi appelée "Porte de l'Horloge", ancienne porte d'entrée de la ville (porte de l'Amasse), décidée sous le règne de Charles VIII. Cloche fondue en 1501.
• Eglise Saint Florentin (XVe, XVIe et XIXe), place de l'Hôtel de Ville : construite entre 1477 et 1484 sur ordre de Louis XI.
• Maison des pages de Charles VII (XVe), rue des Rochers des Violettes : logis en colombage appuyé au coteau.
• Maisons (XVe et XVIe), 4 rue Joyeuse.
• Maison dite de l'épicerie (XVe, XVIe et XXe), place Michel Debré.
• Tour Féalen (XVe et XVIIIe), quai du Mail : vestige des fortification d'Amboise.
• Manoir du Clos Lucé (1477), 2 rue du Clos Lucé : ce domaine a longtemps appartenu aux religieuses du prieuré de Moncé à Limeray, qui l'ont acquis de Pierre du Perche. Elles le revendent à Etienne Le Loup, en 1471, homme de confiance de Louis XI. François 1er y passe son enfance. Léonard de Vinci y habite de 1516 à 1519 et y meurt. Relié au château par un souterrain. Musée Léonard de Vinci : une cinquantaine de maquettes réalisées par IBM France à partir des dessins du maître.
• Château Gaillard (fin XVe et XVIe), 29 allée du Pont Moulin.
• Hôtel de Ville (début du XVIe et 1880), 60 rue Concorde : musée de l'Hôtel de Ville.
• Eglise Notre Dame du Bout des Ponts (1521, XVIIIe et 1821), quai de la Loire : les crues fréquentes ont endommagé l'édifice notamment en 1773.
• Hôtel du Philosophe Inconnu (XVIe), 16 place Richelieu.
• Hôtel Joyeuse (XVIe et XXe), 6 rue Joyeuse.
• Les greniers de César (vers le XVIe), 36 quai Charles Quinot : silos aménagés dans des caves dont l'existence est mentionnées dans les plus anciennes archives d'Amboise.
• Maison d'Alfred Gabeau (début XVIIe), 20 rue de la Concorde : actuellement bibliothèque municipale.
• Maison BelleVue dite l'Apolline (XVIIe), le Haut Chandon : habitée par le peintre Driant et par la veuve d'Apollinaire de 1918 à 1967.
• Tombeau du Duc de Choiseul (XVIIIe et XIXe), cimetière.
• Tombeau du d'Henri Michel d'Amboise (XVIIIe), cimetière : seigneur du Clos Lucé.
• Tombeau de Léonard Perrault (XIXe), cimetière.
• Pavillon de la Grille Dorée (XVIIIe), domaine de Chanteloup : l'un des deux pavillons de l'entrée de la première cour du château de Chanteloup.
• Pagode de Chanteloup (entre 1775 et 1778), domaine de Chanteloup : témoignage de l'exil du Duc de Choiseul à Chanteloup (architecte Le Camus).
• Ancienne sucrerie de Chaptal (début XIXe), domaine de Chanteloup.
• Mur anti-crue (début XXe), quai du Général de Gaulle.
• Jardins ouvriers (XIXe et XXe), créés au 19e siècle lors de la révolution industrielle (raffineries Buclan, couvertures Pataul-Leclaire, essieux Pierre, fonderies Tallibot et Piat, pressoirs Mabille ou tanneries Soloman).
• Eolienne Bollée (fin XIXe et début XXe), route de Bléré.
• Fontaine Max Ernst (1968), quai du Général de Gaulle.
• Crimkly ou Mobile de Calder (1969), place Emile Gounin.